在拜仁上周1-1戰平凱爾特人的歐冠16強附加賽次回合中，主帥孔帕尼在比賽只剩約24秒的時候換上了穆勒，他在上場后也沒有任何一次觸球。對于這個引起爭議的換人決定，德國名宿巴拉克表示孔帕尼當下可能并沒有意識到這會造成問題，但他相信穆勒清楚自己的情況以及對球隊而言最重要的是晉級。　　對于孔帕尼的這個換人，此前馬特烏斯曾用“羞辱人”來形容。而巴拉克首先表示：“當然，這有點不走運，但我不認為孔帕尼當時還有意識去注意到這一點——在那種岌岌可危的情況下。”拜仁當時和凱爾特人1-1戰平，必須守住比分才能避免再拖入加時賽。　　巴拉克強調對于拜仁來說，晉級下一輪才是最重要的事情，他也認為：“托馬斯肯定也會這么看。我認為重要的是，他要在這支球隊中找到自己的角色。”　　即使穆勒連續三場比賽沒有出場，他也總是會被要求做好準備。而對于巴拉克來說，這也是一個關于負荷管理的問題：“他已經到了某個年紀，他自己也知道這一點。他不可能再像以前那樣承受一周又一周地、每三天一場比賽的負荷了。”　　在周日拜仁4-0法蘭克福的比賽中，穆勒首發出場，但這也僅僅是因為當家前鋒凱恩此前受傷而暫時擔任替補。巴拉克也為穆勒辯護道：“他是一名替補球員，但他對這支球隊來說非常、非常地重要。他比其他任何人都更能代表這家俱樂部。他獨一無二地象征著拜仁慕尼黑。”　　現在最重要的優先事項是與隊友保持競爭，這樣一來穆勒也會獲得出場時間。巴拉克說道：“孔帕尼在這方面有很好的鑒別能力”，而穆勒也在對陣法蘭克福的比賽中證明了這點，巴拉克表示：“因此，這個話題可以結束了。”　　本賽季至今，穆勒出場31次總計1184分鐘，并在其中打進5球和助攻4次。